تقوم الشعبة وبالتنسيق مع شعب المالية المختلفة بإعداد الموازنة السنوية للجامعة وتنفيذها بعد إقرارها من المجالس المختلفة للجامعة ومن ثم رفعها إلى مجلس التعليم العالي، وقد قامت الشعبة بتطوير نظام الموازنة بحيث يتم إعدادها من خلال برنامج الكتروني.