تهدف الوحدة إلى تطبيق نظام ضمان الجودة على الخدمات التعليمية في الجامعة، وتطبيق نظام ضمان الجودة على البحث العلمي في الجامعة، و تطبيق نظام ضمان الجودة على خدمة المجتمع، وإلى تطبيق نظام ضمان الجودة على مستوى الأداء العام للأقسام العلمية والكليات والدوائر الإدارية والجامعة، وأخيراً إلى الإعداد والمتابعة لشروط الاعتماد العام والخاص للبرامج والتخصصات القائمة والمستقبلية في الأقسام العملية والجامعة.