وتقوم بتنظيم القيود والسجلات المحاسبية وفقاً للمبادئ المحاسبية المتبعة، والتأكد من تطبيق السياسات المالية والإجراءات المحاسبية بموجب أنظمة الجامعة وتعليماتها.
كما وتقوم بإعداد البيانات المالية والتقارير الدورية المختلفة والميزانية العمومية، وأية أمور مالية أخرى كالحوالات الخارجية للاشتراكات وعضويات الجامعة الخارجية.
ويتبع لشعبة المحاسبة قسم الشيكات الذي يقوم بدوره بإعداد شيكات الجهات الخارجية سواء الرسمية منها أو الخاصة أو مكافآت باحثين خارجيين بالإضافة إلى مستحقات الطلبة الخريجين.