يوفر برنامج ماجستير المحاسبة في جامعة الزرقاء معرفة متعمقة في بيئة الاعمال الحديثة كما يمكن خريجي المحاسبة الذين يرغبون في تعميق خبراتهم في مجال المحاسبة ويدعمهم بالحصول على شهادات مهنية او لمتابعة دراستهم الاكاديمية ويعتمد برنامج ماجستير المحاسبة في جامعة الزرقاء على توعية الطلبة لامتلاك مهارات في البحث العلمي وفي الممارسات المحاسبة والتدقيق المعاصر ويطور فهم الطلبة فيما يتعلق بالمعايير الدولية للمحاسبة والتطبيق العملي والمهني فهو يقدم مساقات نظرية وعملية تظاهي المساقات التي تقدمها الجامعات المحلية والعربية والعالمية وذلك لرفد سوق العمل المحلي بخرجيين منافسين على المستوى المحلي والعربي والعالمي في مجال المحاسبة

يتضمن برامج الماجستير في التخصصات التي تقدمها الكلية مسارين هما:

• مسار الامتحان الشامل
• مسار الرسالة

على الطالب الذي يسلك مسار الامتحان الشامل أن يجتاز بنجاح 33 ساعة معتمدة منها 24 ساعة من المواد الاجبارية,9 ساعات من المواد الاختيارية, هذا بالاضافة الى اجتياز الامتحان الشامل وفق تعليمات منح درجة الماجستير في الجامعة أما الطالب الذي يختار مسار الرسالة فعليه أن يجتاز أيضاً 33 ساعة معتمدة منها 9 ساعات للرسالة والباقي توزع بين 15 ساعة من المواد الاجبارية,9 ساعات من المواد الاختيارية.

• تزويد الطالب بالمعرفة المحاسبية بحيث يصبح قادر على التعامل مع المشاكل المحاسبية المعاصرة .
• رفد سوق العمل بكوادر للتطورات العلمية في تخصص المحاسبة .
• تطوير المهارات التعليمية لأعضاء الهيئة التدريسية والطلبة .
• تنمية المهارات البحثية لأعضاء الهيئة التدريسية و الطلبة في مجال المحاسبة .
• تشجيع المشاريع الريادية في مجال المحاسبة بما يسهم في خدمة المجتمع .
• بناء شراكه فاعلة مع مؤسسات المجتمع في مجال المحاسبة .
• تنمية مهارات الطلبة و قدراتهم على تخطيط وتنفيذ و رقابة العمليات المالية .

• التوظيف الأمثل للمهارات المحاسبية حسب متطلبات سوق العمل .
• البحث العلمي و التفكير النقدي في مجالات محاسبية مختلفة .
• اتخاذ القرارت وحل المشكلات المحاسبية و المالية المختلفة .
• تحليل الحالات العملية المحاسبية و المالية بشكل علمي و منطقي .
• التوظيف الفعال لتكنولوجيا المعلومات في المجالات المحاسبية و المالية .
• تحليل المشاكل المحاسبية المعاصرة و الإلمام بها .