تم إنشاء تخصص هندسة العمارة لتبدأ الدراسة فيه اعتباراً من مطلع الفصل الثاني للعام الجامعي2008/2009، ويعد هذا التخصص من التخصصات الهامة في الجامعات الرسمية والخاصة، ومن التخصصات التي يحتاجها الأردن والدول العربية المجاورة .

أعد تخصص هندسة العمارة لأولئك المهتمين في الجوانب الهندسية لتصميم المباني، فالمهندس المعماري يجب أن يكون ملما تماما بالجوانب العلمية، الوظيفية، والامكانات الجمالية لمواد البناء الحديثة، وكذلك أن يكون ملما في الجوانب الميكانيكية، الكهربائية، والانشائية .

وباعتبار المهندسين المعمارين أعضاء مهمين في فريق التصميم المتكامل، فإنه يجب أن تتوفر لديهم القدرة على ابتكار تصميمات تلبي عناصر الاقتصاد، الأمان، المتانة، والمتطلبات الجمالية للمشروع المعماري، إلى جانب الإلمام بعناصر التصميم المتكامل. وهذا ما ترسمه جامعة الزرقاء وترمي إلى تحقيقه في قسم هندسة العمارة لديها حيث يعمل قسم هندسة العمارة في الجامعة على إعداد الطلبة لمهنة المستقبل كمهندسين مستشارين، ومدراء مشاريع وخبراء ومختصين في المجالات التي تتعلق بتصميم المباني وتحليلها.