نشأت كلية الصيدلة في بداية الفصل الأول من العام الجامعي 2010-2011م، لتكون بذلك ثالث كلية للعلوم الصحية بعد كلية العلوم الطبية المساندة وكلية التمريض. وجاء تأسيسها لتزويد محافظتي الزرقاء والمفرق بشكل خاص، والسوق الأردني والإقليمي والعالمي بشكل عام، بصيادلة ذوي كفاءة متميزة، يسهمون في الارتقاء بالأبحاث العلمية والتطبيقية وتطوير الخدمات الصيدلانية الموجهة لخدمة المريض والمجتمع على المستويات المحلية والإقليمية والدولية. 

كما تم استحداث برنامج ماجستير العلوم الصيدلانية في بداية الفصل الأول من عام 2018م، دعمًا لمسيرة البحث العلمي وتطوير التعليم العالي في المجال الصيدلاني. 

تُعد الكلية جزءًا لا يتجزأ من منظومة التعليم العالي الصحي والمجتمع الصيدلاني ومؤسساته، وهي عضو فاعل في رابطة كليات الصيدلة، وتعمل بتناغم مع كليات الصيدلة في الجامعات الأخرى، ومع نقابة الصيادلة وفروعها، بالإضافة إلى المؤسسات الصيدلانية كالمصانع والشركات ومستودعات الأدوية والصيدليات، ومع المؤسسات غير الصيدلانية المختلفة، من أجل ازدهار الوطن وتنمية المجتمع. 

وتكرّس الكلية جهودها لاكتساب الطلبة المعارف والمهارات والقدرات اللازمة لممارسة العمل في مختلف المجالات الصيدلانية، ومن أبرزها: 

• صيدليات المجتمع، المستشفيات، والمراكز الصحية. 

• الإعلام الدوائي والترويج العلمي. 

• مصانع وشركات الأدوية والمستحضرات الصيدلانية. 

• مراكز الأبحاث الصيدلانية والسريرية ومختبرات الأدوية. 

• المجالات الأكاديمية والتعليمية. 

• مراكز المعلوماتية الدوائية وشركات التأمين الصحي. 

• الشؤون التنظيمية والرقابية.