تعمل الكلية على تحقيق رؤيتها ورسالتها وأهدافها المستمدة من رؤية ورسالة الجامعة، وتتبنى في ذلك فلسفة تقوم على مجموعة القيم الجوهرية التي تأتي في مقدمتها الجودة الشاملة، بالإضافة للارتقاء بالمعرفة، وغرس الأخلاق والأمانة العلمية والالتزام، والعمل بروح الفريق، والالتزام بالتطوير والتحديث، وتشجيع البحث العلمي والتعلم الذاتي والتعليم المستمر، وصولاً لخلق بيئة عالمية التفكير حاضنة للإبداع والابتكار.
تقدم كلية الصيدلة في جامعة الزرقاء برنامج البكالوريوس في الصيدلة وبعدد ساعات كلي للبرنامج 165 ساعة وكجزء من الخطة الدراسية، تفرض كلية الصيدلة على الطالب مادة التدريب الصيدلاني الميداني بعدد ثلاث ساعات معتمدة والتي يتوجب فيها انهاء 320 ساعة تدريبية في إحدى صيدليات المجتمع او المستشفيات. وقد حرصت الكلية على تطوير هذا البرنامج، بما يتفق مع رسالتها وأهدافها ورؤيتها في تحقيق الرسالة التعليمية وتطوير برامج التدريب والتعليم الصيدلاني المستمر لخدمة المجتمع المحلي والدولي، من خلال تزويده بصيادلة ذوي كفاءة متميزة. ونتيجة لذلك، ورغم حداثتها وصغر عمرها، حقق طلبة وخريجو الكلية بالمقارنة مع جميع كليات الصيدلة الحكومية والخاصة نتائج متميزة في كل من امتحان الكفاءة الجامعية وامتحان التدريب الذي تعقده نقابة الصيادلة، والذي حافظت الكلية على مراكز الصدارة في نتائجة خلال عام 2017.
أولت الكلية اهتماماً خاصاً بنظام إدارة ضمان الجودة، حيث حصلت على شهادة الجودة من هيئة اعتماد مؤسسات التعليم العالي وضمان جودتها.
كما تم في العام 2018/2019 إطلاق برنامج ماجستير في "العلوم الصيدلانية" . وبناء على ذلك تم عمل خطة لبرنامج الماجستير, حيث تتميز الخطة بتلاؤم المساقات النظرية مع نظيراتها العملية و تتصف بالشمولية والتكامل مع خطة برنامج البكالوريوس.