تم إنشاء قسم المصارف الاسلامية في عام 2010 في ظل الطلب المتزايد على الصيرفة الإسلامية, ولما تتمتع به من كفاءة عالية في عمليات الاستثمار والتمويل, ويهدف القسم إلى إيجاد مجال للتعاملات وفق فقه المعاملات الإسلامية في الأنشطة المصرفية, إضافة إلى تطبيق عملي لأسس الاقتصاد الإسلامي وتنفيذ رغبة المجتمعات الاسلامية في التعامل بعيداً عن الربا , ويقوم القسم بطرح برنامج البكالوريوس والماجستير حيث تتضمن خطط البرامج المستجدات المالية الإسلامية وبما تتفق مع الضوابط الشرعية الإسلامية القانونية لتخريج جيل لديه الإطلاع الكافي بالأمور المالية والمصرفية الإسلامية وقادراً على التعامل مع المشكلات المالية والمصرفية المعاصرة وملماً بالضوابط الشرعية مع مراعاة المرونة في حل المشكلات .
ويضم القسم نخبة من أعضاء الهيئة التدريسية المتميزة من حملة الدكتوراه في تخصص المصارف الإسلامية .